Quando utilizados durante a gravidez, os antibióticos podem causar problemas. Os antibióticos do grupo das tetraciclinas atravessam a placenta e são armazenados nos ossos e nos dentes do feto, onde eles combinam-se com o cálcio. Como resultado, o crescimento ósseo pode ser lento, os dentes do concepto podem adquirir uma coloração amarela permanente e o esmalte dentário pode ser mole e anormalmente suscetível a cáries.
O risco de anomalias dentárias é maior a partir da metade até o final da gestação. Como existem vários antibióticos alternativos seguros, as tetraciclinas devem ser evitadas durante a gravidez. Antibióticos como a estreptomicina ou a kanamicina quando utilizados durante a gravidez podem causar lesão do ouvido interno do feto, podendo acarretar surdez. O cloranfenicol não prejudica o feto, mas ele pode causar uma doença grave no recém-nascido denominada síndrome cinzenta (ou do bebê cinza).
A ciprofloxacina não deve ser utilizada durante a gravidez, pois foi demonstrado que ela causa anomalias em animais. As penicilinas parecem ser seguras. Quando utilizados no final da gestação, a maioria dos antibióticos que contêm sulfonamidas pode causar icterícia no recém-nascido, a qual pode produzir lesão cerebral. No entanto, a probabilidade disto ocorrer é muito menor quando a sulfasalazina (também um antibiótico do grupo das sulfonamidas) é utilizada.
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